溯源述迹,史有佐證。明永曆十七年 (一六六三),原籍泉州晉江的許、洪、何、周、李等五位先民渡臺,移墾本地;隨行攜奉中壇元帥神像,庇蔭有加。其後入墾者日眾,聚落成莊,崇祀者尤多,草祠建廟。崇祀主神哪吒,乃係托塔天王第三子,俗稱三太子或太子爺,又以統帥天兵神降,位居東、南、西、北、中等五營的中營,尊稱中壇元帥。地因神而靈,人因神而傑;太子宮是廟名,也是地名。清康熙五十六年 (一七一七) 《諸羅縣誌》已有引白水溪灌溉太子宮庄的記載,以廟名為地名的事例,見證宗教信仰與移墾拓殖的密切關係。後以避免廟名與地名混淆,改採「新營太子爺廟」為號。
自草堂而殿宇,歷代多有興修,遂得今貌;經分香而廣澤,煙火臻於鼎盛,終成重鎮。民國六十年商議重修,壯大觀瞻;留舊建新,歷史不斷。及民國七十三年新廟落成,巍峨恢宏;太子爺塑像高居其上,福庇蒼生,弗遠不至。保留舊廟,依然俎豆馨香,香火永續。舊廟於民國八十八年「九二一大地震」遭損,縣府立即緊急搶修,並於同年十月指定為台南縣縣定古蹟,珍視地方文化資產。民國九十一年委託曾文吉建築師事務所進行調查研究暨修復設計,和城營造承包修復工程;遂於同年十月興工,本年十一月竣工,總工程費共計新台幣陸佰肆拾參萬元整。
值此舊廟重光,慶成之際,因以讚曰:先民渡臺,新營初闢;太子隨行,福澤廣庇;地名廟號,兩相得宜;舊貌新觀,禋祀弗替;政通人和,文明昌吉;古蹟修復,新猷再啟。
中華民國九十二年十二月穀旦